Il testo del protocollo di Cartagena, detto anche Biosafety Protocol, fu inizialmente discusso in una sessione straordinaria della CBD a Cartagena, in Colombia. La sua versione finale fu invece approvata in una riunione a Montréal all'alba del 29 gennaio 2000 dopo una notte di negoziazioni da parte di tecnici e ministri di molti paesi. L'accordo finale è stato raggiunto in gran parte grazie alla determinazione del delegato danese e del ministro dell'ambiente colombiano.
Il Protocollo si rifà direttamente all'articolo 19 della convenzione sulla diversità biologica o CBD e al principio di precauzione così come definito all'articolo 15 della dichiarazione di Rio sull'ambiente e lo sviluppo. Nel testo si riconosce la necessità di indagare a fondo i potenziali rischi associati agli organismi geneticamente modificati, ottenuti tramite le moderne biotecnologie, al fine di garantire un elevato livello di protezione con particolare riferimento alla diversità biologica, ed assegna alle Parti della convenzione il compito di assumere le necessarie misure legali, amministrative e politiche al fine di prevenire eventuali rischi. Le Parti si impegnano inoltre a sviluppare protocolli e procedure per il trasporto, la gestione, e l'uso in sicurezza di qualsiasi organismo geneticamente modificato che possa avere effetti negativi sulla conservazione e sull'uso sostenibile della biodiversità.
Il protocollo di Cartagena entra in vigore l'11 settembre del 2003 (21 anni fa).
