La macchina Enigma fu sviluppata da Arthur Scherbius in varie versioni a partire dal 1918 quando ottenne il brevetto, ispirandosi al disco cifrante di Leon Battista Alberti. La prima versione misurava appena 34 × 28 × 15 cm ma aveva un peso vicino ai 12 kg. Egli creò una società a Berlino, la Scherbius & Ritter, per produrre tale macchina e mise in vendita la prima versione commerciale nel 1923. Sebbene i crittogrammi prodotti fossero effettivamente indecifrabili per l'epoca, molti commercianti e uomini d'affari pensarono che la possibilità di avere messaggi sicuri non giustificasse l'alto costo della macchina.
Dopo la scoperta da parte dei tedeschi del fatto che le comunicazioni navali della prima guerra mondiale erano state decriptate dalla Gran Bretagna anche tramite codici scoperti dopo l'affondamento di un incrociatore tedesco, il governo tedesco pensò che fosse arrivata l'ora di affidarsi a un sistema sicuro per criptare i propri messaggi importanti. Scherbius realizzò quindi una versione diversa dalla precedente, con i circuiti degli scambiatori modificati per impedire una decodifica dei messaggi nel caso che qualcuna delle macchine già in circolazione fosse caduta in mani nemiche. Diversi esemplari furono acquistati dalla Marina Militare tedesca nel 1926, poi nel 1929 il dispositivo venne acquisito dall'Esercito e da allora in poi praticamente da ogni organizzazione militare tedesca e dalla maggior parte della gerarchia nazista.
Versioni di Enigma furono usate per quasi tutte le comunicazioni radio tedesche, spesso anche per quelle telegrafiche, durante la guerra (perfino i bollettini meteorologici vennero cifrati con Enigma).
Gli italiani, durante la Seconda guerra mondiale, utilizzarono diverse macchine cifranti, tra cui anche una versione commerciale della macchina Enigma: rispetto a quella in uso all'esercito tedesco, questa non aveva il pannello di commutazione per cui i cifrari prodotti erano più semplici da violare con il metodo scoperto precedentemente da Marian Rejewski. Tale macchina fu usata sia durante la Guerra Civile Spagnola sia durante gli scontri nel Mar Mediterraneo fra la flotta inglese e quella italiana.
Nel novembre del 1931 Hans-Thilo Schmidt, impiegato tedesco che poteva accedere alla macchina Enigma militare, aveva fornito ai francesi due documenti, chiamati Gebrauchsanweisung für die Chiffriermaschine Enigma e Schlüsselanleitung für die Chiffriermaschine Enigma, che erano una specie di manuali d'istruzioni della macchina tramite i quali e grazie ad altre informazioni recuperate dall'intelligence francese, si poteva cercare di ricostruire Enigma.
La Francia, visti gli schemi e che cosa avrebbero dovuto decifrare, decise che il meccanismo era troppo complesso per essere decifrato dai propri crittoanalisti e non si preoccupò neanche di finire la realizzazione di un prototipo della macchina. La Polonia invece sapeva che se la Germania avesse cominciato una guerra, essa sarebbe stata la prima a essere attaccata, e chiese alla Francia i progetti e tutto ciò che era stato recuperato per la realizzazione di un prototipo per provare a violare il codice. Vista la natura tecnologica di Enigma, il Biuro Szyfrów (Ufficio Cifra) polacco decise di interpellare gli accademici della vicina Università Poznań, sottoponendoli a un test per trovare le persone più adatte a decrittare Enigma.
I servizi segreti polacchi riuscirono così a decifrare Enigma, grazie sia a una debolezza del sistema cifrante, sia a una regola imposta per l'uso della macchina da parte dell'Ufficio tedesco preposto. L'intelligence polacco, guidato dal matematico Marian Rejewski, progettò una macchina apposita chiamata Bomba, per simulare il funzionamento di una macchina Enigma e ottenere da un messaggio cifrato, con tentativi sistematicamente reiterati, le chiavi di regolazione della macchina che aveva eseguito la cifratura e quindi poterlo decifrare a sua volta. I tedeschi però cambiarono il funzionamento di Enigma introducendo un insieme di cinque rotori, dei quali sempre solo tre venivano usati, ma diversi ogni giorno: questo moltiplicava per sessanta le combinazioni possibili e la Bomba polacca non poteva affrontare un tale incremento di complessità.
Alla vigilia dell'invasione della Polonia, nel 1939, il progetto venne trasferito agli inglesi, i quali organizzarono un'attività di intercettazione e decifrazione su vasta scala delle comunicazioni radio tedesche a Bletchley Park e con l'aiuto di grandi matematici come Alan Turing, riprogettarono la Bomba e idearono diversi metodi per forzare le chiavi di codifica tedesche, che davano come prodotto il testo in chiaro, noto con il nome in codice Ultra.
I servizi d'intelligence militari tedeschi Abwehr utilizzarono un particolare modello, l'[Enigma-G].
Un primo tentativo per accedere a dei cifrari della versione navale della macchina Enigma fu eseguito durante l'operazione Ruthless, una grande operazione di spionaggio proposta per la prima volta nel 1940 da Ian Fleming all'Ammiragliato Britannico.
Nel maggio del 1941 la marina inglese riuscì a mettere le mani su un apparato Enigma intatto e sui documenti di cifratura, catturando un sommergibile tedesco durante un attacco da parte di quest'ultimo a un convoglio alleato. Questa operazione è conosciuta col nome di Primrose. Ci vorranno quasi 2 mesi per forzare il sistema era il 9 luglio 1941 (83 anni fa).
Nel 1944, un'ulteriore evoluzione della bomba portò all'introduzione dell'elaboratore Colossus.
Per la Marina tedesca venne messa a punto una versione particolare di Enigma, che impiegava quattro rotori cifranti presi da un set di otto (quelli delle enigma terrestri più tre nuovi rotori esclusivi per la marina) e poteva usare due diversi riflettori a scelta, per aumentare ancora il numero di combinazioni disponibili.
